集裝箱集團下屬成員企業包括海天碼頭、海潤碼頭、海通碼頭、嵩嶼碼頭、國際貨柜碼頭、新海達碼頭、海滄查驗公司、泛海聯公司、智圖思公司，關聯企業包括海翔碼頭和福州海盈碼頭。其中：

海天碼頭：為分公司，運營東渡港區5＃?16＃泊位；

海潤碼頭：為全資子公司，運營海滄港區4＃?6＃泊位；

海通碼頭：為全資子公司，運營嵩嶼港區4＃?6＃泊位；

嵩嶼碼頭：與AP穆勒合資經營，運營嵩嶼港區1＃?3＃泊位，公司持有75％股權；

國際貨柜碼頭：與和記黃埔合資經營，運營海滄港區1＃?3＃泊位，公司持有51％股權；

新海達碼頭：與廈門海投集團合資經營，運營海滄港區18＃?19＃泊位，公司持有66％股權；

海滄查驗公司：與廈門海投集團合資經營，公司持有75％股權；

泛海聯物流：與海豐物流合資經營，公司持有51%股權；

智圖思科技：與上海哪吒港航智慧、福建電子口岸合資經營，公司持有51%股權；

受廈門國際港務委托，經營福州海盈碼頭（福州馬尾港區8＃泊位）；

租賃經營海翔碼頭（劉五店港區6?！?＃泊位）。